VM Importで持ち込んだEC2インスタンスを特定のVPCで起動するためには、ec2-import-instanceコマンドで対象サブネットを指定する

ステップ 4: Amazon EC2 に VM をインポートする - Amazon Elastic Compute Cloud 

インポートタスクを作成するときに使用する Amazon Virtual Private Cloud（Amazon VPC）サブネットを指定するには、ec2-import-instance コマンドで--subnet subnet_id オプションを使用します。 

なるほど。。